フリースクールとは、子どもたちが学校以外で学んだり、過ごしたりできる居場所です。不登校などさまざまな事情で学校に行けない、あるいは行かない選択をした児童生徒や、在籍校への登校復帰を目指して一時的に利用する児童生徒などが、それぞれの目的に合わせて通っています。また、発達障がいのある人やひきこもり状態の人を支援するところも多数あります。
各スクールの理念や目的、活動内容はそれぞれ異なり、呼び名もフリースクールのほか、「フリースペース」「オルタナティブスクール」「サドベリースクール」「デモクラティックスクール」「シュタイナー学校」などさまざまあります。通信制高校を運営する学校法人や、通信制高校と提携するサポート校が開設するフリースクール、初（小）等部、中等部などもあります。また、家庭で学びを進めるホームスクール（ホームエデュケーション）を支援するフリースクールもあります。
フリースクール等は法律で定められた学校ではありません。そのため、義務教育段階では在籍する小・中学校に籍を置いたまま利用することになります。しかし、在籍校の校長裁量により、フリースクール等への登校が出席扱いとできることが国の方針で認められています。
小・中学生の出席扱いについては1992年から、高校生についても2009年から実施されています。

文部科学省の調査(2015年）では、在籍者数は317カ所の施設に7,011人が在籍していました。在籍者の年齢層を見ると、小学生、中学生の義務教育学齢が60となっています。在籍小学校、在籍中学校での出席扱いについては、小学生が53%、中学生が58%と半数以上の児童•生徒が認められています。高校生は23% 、高校に在籍しない16歳から18歳の人も5%を占めていることから、高校不登校をはじめ、高校中退、高校に進学しなかった人も約3割が在籍しています。

施設の規模は、5人以下の施設が約42%と、少人数による運営が大半を占めます。10人以下では約65%にまでなります。支援者の目が一人ひとりの子どもに行き届く範囲と言えるでしょう。

一方で、規模に応じて、できることも異なるため、スクール選びは各施設の規模もある程度考慮したうえで絞り込み、そのあと運営内容などを見ていくこともできるでしょう。

フリースクール等は、法律に定められた「学校」とは異なる民間の団体・施設です。フリースクールを利用する、しないに関わらず、義務教育期間である小・中学生は、必ず小学校、中学校に籍を置くことになります。仮にまったく学校に通わなかったとしても、現在は、原級留置（留年）などの措置が取られることはほとんどないのが現状です。
なお、フリースクール等での活動は、在籍校の学校長の裁量により、出席扱いや成績評価として認められることもあります。文部科学省の調査では、フリースクール等の活動が出席扱いとして認められている利用者は全体の55.8%となっています。